1987年10月，鄂州市将原程潮区花湖、杨叶、沙窝3个乡和泽林、碧石渡、汀祖、燕矶4个镇，原长港区杜山乡划归鄂城区。同年11月，增设西山街道。1987年末，鄂城区下辖杜山、石山、新庙、花湖、杨叶、沙窝6个乡，泽林、碧石渡、汀祖、燕矶4个镇，凤凰、古楼、西山、樊口4个街道。

　　1997年1月，泽林镇、石山乡实行由市直管体制；同年3月，又对凤凰、古楼、西山、樊口4个街道实行由市直管体制。 

　　1997年5月，撤销新庙乡，设立新庙镇；7月，撤销石山乡，设立石山镇。1998年4月，撤销花湖乡，设立花湖镇；撤销杨叶乡，设立杨叶镇；7月，撤销杜山乡，设立杜山镇。2004年6月，长港管理区撤区设镇，划归鄂城区管辖。1997年设立花湖经济技术开发区，2000年7月列为省管开发区，2015年6月，花湖开发区完成“一区两镇”整合，将花湖镇、杨叶镇整体并入花湖开发区，涵盖花湖镇、杨叶镇全部。此时，鄂城区行政区划为1个乡，7个镇，1个开发区（花湖开发区涵盖花湖镇、杨叶镇），4个街道。实际管辖1个乡，9个镇。 

　　2019年2月，湖北鄂州经济开发区（筹）管理委员会回归樊口街道管理体制，调整为鄂城区管理，西山街道、凤凰街道、古楼街道回归鄂城区管理。

　　2019年12月，燕矶镇、杨叶镇、沙窝乡、新庙镇（其中月陂村、洪港村归鄂城区凤凰街道管辖）划入鄂州市临空经济区管辖。截至目前，鄂城区下辖4个街道6个镇1个省级开发区：凤凰街道、古楼街道、西山街道、樊口街道、长港镇、杜山镇、泽林镇、碧石渡镇、汀祖镇、花湖镇，花湖经济开发区。